ないでしょう。

PTFによって既存のAPPが動かなくなるとは根拠のない話です。

DSPPGM　で適用業務プログラムを見ると「サービス・プログラム」という項目が
ありますがPTFによってこのサービス・プログラムが変わると適用業務の稼働に
影響がありますがひとつの適用業務プログラムに対してサービス・プログラムの
数はたかだか数個しかありません。
IBM　がせっかく安定動作しているこれらのサービス・プログラムを
頻繁に入れ替えるでしょうか?

論理的証拠に基づかない根拠のない都市伝説だと思います。

IKDさん、返信ありがとうございます。
論理的証拠に基づかない根拠のない都市伝説として認識することにします。

10度ほど経験があります。（10度と言っても約30年の内の10度ですが）

アプリケーションが動かなくなったこともありますし、起動しなくなった事もあります。

アプリケーションが動かなかったものはほぼサードベンダーのパッケージが当PTFに対応していなか
ったためで、サードベンダーのPTFで解決。

また起動しなかった時は、マイクロコードのスリップで解決。

1.　サードベンダーのパッケージは事前に調査。
2.　PTF適用前にシステム全体バックアップ（時間がなければSAVSYS)の取得
が最良かと思います。

勿論、SWMAは大前提です。