ないでしょう。

PTFによって既存のAPPが動かなくなるとは根拠のない話です。

DSPPGM　で適用業務プログラムを見ると「サービス・プログラム」という項目が
ありますがPTFによってこのサービス・プログラムが変わると適用業務の稼働に
影響がありますがひとつの適用業務プログラムに対してサービス・プログラムの
数はたかだか数個しかありません。
IBM　がせっかく安定動作しているこれらのサービス・プログラムを
頻繁に入れ替えるでしょうか?

論理的証拠に基づかない根拠のない都市伝説だと思います。