10度ほど経験があります。（10度と言っても約30年の内の10度ですが）

アプリケーションが動かなくなったこともありますし、起動しなくなった事もあります。

アプリケーションが動かなかったものはほぼサードベンダーのパッケージが当PTFに対応していなか
ったためで、サードベンダーのPTFで解決。

また起動しなかった時は、マイクロコードのスリップで解決。

1.　サードベンダーのパッケージは事前に調査。
2.　PTF適用前にシステム全体バックアップ（時間がなければSAVSYS)の取得
が最良かと思います。

勿論、SWMAは大前提です。