AS/400のバージョンは異なりますが以前、同じ現象が発生していました。
AS/400が5.4でCAが5.3でした。
やはりすべてのＰＣではなく特定のＰＣ数代が同じエラーで
エミュレータが立ち上がりませんでした。
ＰＣを再起動してもダメでＣＡを一度削除して再導入しても現状は改善されませんでした。

IBMのソフトウェアサポートセンターに問い合わせした所、
ＣＡの最新のＰＴＦを充てて解決した記憶があります。
（もしかするとＣＡのバージョンアップをおこなったかもしれません）

エミュレータを事情により最新のものを使用できないという事で
この辺りに原因があるのではないでしょうか。