私は次のステップに必ず進んでいると思います。

PCオーガナイザーの内部の動作

　　1.PCコマンドを非表示で埋め込んだ<
　　5250ストリーム画面がエミュレータに送信されます。

　2.エミュレータはPCコマンドを　Windows　で実行して
　　　　5250ストリームに実行キーで応答します。
　　　　
　　3.ユーザーには　PCコマンドの実行結果が表示されますが
　　　　そのときには　System　i　のオーガナイザーのステップは
　　　　既に終了しています。

　　(なぜこれがわかるかと言うと5250ストリームの内部を解析した結果です。)

===>　ポイントは上記の2.　の部分であり、エミュレータが
　　　　　Windows　に　PCコマンドの実行を指示しても
　　　　　終了するのを待つわけではありません。
　　　　　(　Windows　には　CALL　に相当する同一スタックでの実行命令がありません。
　　　　　　　CALL　とよく似た動作をさせることはできますが別のプロセスでの実行となります。　)
　　　　　
　　　　　System　i　の　CALL命令では　CALL　したプログラムの終了を
　　　　　待機するのが普通ですが　Windows　では新たなプログラムの呼び出しは
　　　　　別のプロセスで実行し、CALL　命令のように完了を待機することはありません。
　　　　　Windows　での実行は　CALL　ではなく　SBMJOB　する、というイメージです。

　　　　　従ってPCコマンドが正しく実行されているのであれば
　　　　　System　i　上では必ず次のステップに進んでいます。
　　　　　これは実際に　PCオーガナイザーを動作させて別のジョブから実行スタックを
　　　　　監視した結果も、上記のような動作となっていることを確認しました。
　　
　　　PCオーガナイザーに問題はないと思います。
　　　別の原因をお探しください。