>　Tools　を使わない方法はありませんか？？？

1.
DSPPGMREF　PGM(LIB/*ALL)　OUTPUT(*OUTFILE)　OBJTYPE(*ALL)　OUTFILE(QTEMP/REF)
※LIBには、コンパイルされたオブジェクトが入っているライブラリを指定してください。

上記のコマンドでプログラムが参照しているファイルやプログラムの一覧がQTEMP/REFに落ちます
。※「参照オブジェクト」というフィールドです。
オブジェクトタイプを*FILEで絞れば、参照しているファイルが選択できると思います。

2.
DSPOBJD　OBJ(LIB/*ALL)　OBJTYPE(*PGM)　OUTPUT(*OUTFILE)　OUTFILE(QTEMP/OBJ)
この中の「最終使用日」「使用日数カウント」が該当すると思いますが、
コンパイルすると初期化されるので注意が必要です。