具体的にどのようにデータ転送されているのかわかりませんが、
CLプログラムにてCPYTOIMPFコマンドを使用しCSVファイル形式で出力すればいいのでは。。。

Excel　にデータを出力するのであれば　Chicago　が最も簡単で
使いやすい製品です。
価格も極めてリーズナブルですから試供版をお試しください。

http://www.officequattro.com/jpn/software/contents/chicago.html

>　現在AS400のデータ転送でCSV/EXCELでファイルに書き出しています。
>　これが少し問題でフィールド異る列にも関わらずA列にまとまってしまうのです
>　そのためエクセルVBでのデータ取り込みが出来ないのです。
>　
>　どこかで設定かえれるのでしょうか？.

エクセルVBでは、ＣＳＶ一行が、１フィールドで取り込まれる。
後は、エクセルVBを、駆使して、フィールドに分解する。

CliantAccessが入っている環境ならば、
EXCEL　VBA+ADO　を使えば、CopyFromRecordset　で抽出結果をSheetにざっくり
と吐き出してくれると思います。

こんな感じで、Google検索すると出てくると思います。
Dim　objADOcn　As　New　ADODB.Connection
Dim　objRst　As　New　ADODB.Recordset
Dim　Newbook　As　Workbook
Dim　Newsheet　As　Worksheet
objADOcn.Open　"Provider=IBMDA400;Data　Source=***.***.***.***",　"user",
"pass"
strSQL　=　"SELECT　*　FROM　MYLIB.MYTBL　......."
Set　objRst　=　objADOcn.Execute(strSQL)
Set　Newsheet　=　Newbook.Worksheets(1)
Newsheet.Range("A2").CopyFromRecordset　objRst