参考になるかわかりませんが、弊社ではこんな感じで行っています。
ただし、ＩＫＤさんが言うように、RUNRMTCMDが使用できる環境が条件です。
使用しているのが、PCかサーバーかわかりませんが、リモートの許可が必要です。


TXTファイル（FTP）
BATファイルとCMDファイルを作成する。

［TEST.bat］
cwblogon　AS400　/u　ユーザー名　/p　パスワード　>　C:\TEST\as400.log
exit

［TEST.cmd］
cmd　/c　"ftp　-s:C:\TEST\TEST.txt　>　C:\TEST\TEST.log"
exit



CLを作成

［CL］
RUNRMTCMD　CMD('C:/TEST/TEST.BAT')　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTLOCNAME('111.11.1.11'　*IP)　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTUSER(ユーザー名)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTPWD(パスワード)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　CCSID(943)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

/**/

RUNRMTCMD　CMD('C:/TEST/TEST.CMD')　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTLOCNAME('111.11.1.11'　*IP)　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTUSER(ユーザー名)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　RMTPWD(パスワード)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　+　
　　　　　　　　　　CCSID(943)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

このCLを実行する。