>001の店舗の仕入先に、002の店舗の仕入先をセットする
の条件が入っていないので上手くいかないのではないでしょうか？

条件を指定すると上手くいくと思います。
UPDATE　SHOTBL　T01　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
SET　T01.仕入先　=　(SELECT　T02.仕入先　FROM　SHOTBL　T02
WHERE　T02.店舗　=　002　AND　T01.商品　=　T02.商品)