エラー・メッセージからすると事態は深刻なように
見えます。

　　　　　　　　　　READ　FILE　　　　　　　　　　　　　50
　N50　　　　　　DELETE　@RECORD

　のようにレコードの削除命令はREADが成功したときだけに
　条件づけられていますか?
　もし無条件に　DELETE　命令を実行していると
　予測できないことが起こる可能性があります。
　必ず　READが成功しているときだけの削除が必要です。
　まさかバッチ・プログラムで削除してるってことは
　ないですよね?