システム値　QCCSID　が　65535　(=白紙の意味)　で、なおかつ
国コード(QCNTRYID)がJP　(=日本)　であれば
起動したジョブは自動的に　CCSID　は　5026　(カナ優先)となります。
(　これが　IBM　i　が初期導入されたときの設定です。)

QCCSID　が　65535　以外の値に設定されていれば
起動ジョブはその値となります。

また　CHGJOB　CCSID(5035)　のようにCLPなどで実行している場合は
ジョブのCCSID　は　5035　(英小文字優先)　となります。

ちなみに「ジョブのCCSID」とは　DSPJOB　で表示される「ジョブ定義属性表示」の
「省略時のコード化文字セット　ID」のことであり
「コード化文字セット　ID」のことではありません。

ファイルのCCSIDは一般的には、そのファイルを作成したソース・ファイルに
指定されているCCSIDによって決まります。
ソースがないときはファイル作成時に指定します。(CRTPF)

プログラムのCCSIDもソース・ファイルのCCSIDによって決まります。
プログラムのCCSIDというのはプログラム内に使用されている固定の文字列を
どのようなCCSIDで解釈するか、ということです。
プログラムが実行時にファイルの読み方を変えることはありません。
例えばプログラム内で英小文字を記述したいのであれば
ソース・ファイルは　CCSID　:　5035　で作成します。

ご参考までに特約店や一部のSEがよく言う「CCSID:　1399　はユニ・コードです」は誤りです。
IBM　のレターの和訳のミスのために　1399をユニコードであると
信じている人が゜いますがこれは誤り。

例えば　UTF-8　のCCSIDは　1208,　UTF-16　の　CCSIDは　1200　です。
またユニコードの漢字は3バイト、EBCDICの漢字は　2バイト。
同じであるはずがありません。

また　5250エミュレータのキー・ボード操作で　Ctrl+F3キーで
CCSIDが変わるとの誤解もありますがこれも誤り。
エミュレータの変換テーブルが変わるだけで
ジョブのCCIDが変わることはありえません。