確かに　CRTDUPOBJ　や　STRPDM　では上書き確認のメッセージが
出力されてしまいます。

対象がデータ・ベースだけであるなら　CPYF　によって
　MBROPT(*REPLACE)　を指定すればご希望の処理になりますが
ファイルだけに限定されてしまいます。

そこで、RSTLIBまたは　RSTOBJ　で　MBROPT(*ALL)　ALWOBJDIF(*ALL)　を
指定すれば　無条件で上書きしてくれます。

従って
(1)　CRTSAVF　で　*SAVF　を作成する
(2)　SAVLIB　でライブラリーA　を　*SAVF　に保管
(3)　RSTLIB　で　*SAVF　からライブラリーB　に
　　　　　　MBROPT(*ALL)　ALWOBJDIF(*ALL)　で復元する