コメントが付かないようなので分かる範囲で。

恐らくAS400側の物理ファイルがWebから入力された外字（機種依存文字）を扱えない
コード化文字セットID(CCSID)となっているのでしょう。

>物理ファイルを直接見ると「・」となっています。

AS400側でコマンドが入力できる環境であれば調べてみて下さい。
DSPPF　lib/file　でCCSIDのコードを確認する。

5026、5035の設定では機種依存文字は扱えません。
1399であれば可能で有ったと思います。