はじめにそれを疑いました。
実際のソースは、下記のような構成になっているため、
LR終了はしていました。
--------------
EXSR　SQL;
*INLR　=　*ON;
RETURN;
--------------

それで色々継続して試した結果、COMMITを入れると
ファイルのロック自体は解除されるようになりました。

EXEC　SQL　PREPARE　STMT1　FROM　:STRSQL;
EXEC　SQL　EXECUTE　STMT1;
EXEC　SQL　COMMIT;　　　　←この文を追加しました。