再度調べなおしたところ、DSPPGMREF コマンドの オブジェクト・タイプの指定に *QRYDFN がありました。*QRYDFN 指定,出力ファイル指定して実行するとライブラリー名、ファイル名が正しく出力されました。ライブラリー名、ファイル名がブランクの場合 Query を再度作成しなおせば正しく出力されます。