QUERY/400が参照しているファイル名やライブラリー名がどこかに登録されているわけではありません。QUERY/400を RTVQMQRYコマンドでソース・ファイルを取り出してプログラムで調査することはできますが RTVQMQRYコマンドにはすべてのQUERYを取り出せる *ALLオプションはありません。このため DSPOBJD でQTEMPにQUERYの一覧を抽出してからCLPで LOOPして RTVQMQRY でソースに取出してからソース内を検索するプログラムを書く必要があります。難しくはありませんが結構、面倒な作業になります。
再度調べなおしたところ、DSPPGMREF コマンドの オブジェクト・タイプの指定に *QRYDFN がありました。*QRYDFN 指定,出力ファイル指定して実行するとライブラリー名、ファイル名が正しく出力されました。ライブラリー名、ファイル名がブランクの場合 Query を再度作成しなおせば正しく出力されます。