<i5の動き>　と指摘されている動作は一般的なもので正常です。

IPL　後に　JOBQ　が実行されるのは特殊な設定があるのではないかと
思われます。

JOBQ　が活動するためには,　その　JOBQ　に関連づけられた　SBS　が
活動していなくてはなりません。
WRKJOBQ　+　[実行]　すれば、この状況を知ることができます。
恐らく　AS400　では特殊な設定をされていたのでは
ないでしょうか　?

それは別としても　JOBQ:　QCTL　、MSGQ(*WRKSTN)　の指定は
JOBQ:　QBATCH　MSGQ(*SYSOPR)　とするのが一般的です。

このあたりの事情も含めて起動CLP:　QSTRUP　に登録されているはずですので
調べてみてください。
QSTRUP　を見ればご質問の理由がわかるはずです