回答有難うございます。
(1)のBasic認証について試して見た所できました。

通常全てのCGIにBasic認証させる時は、
Auth　　/cgi-bin/*
と記述すれば可能だと思いますが、
外部とのやり取りに必要なHTMLを別フォルダーを作成しているので
IKDさんのアドバイス通り
Auth　　/AS400-NET.USR/PROJECT/HANB/*
と記述を追加した所、外部システムにだけBasic認証されました。

(2)については今ひとつ理解できませんでしたが
(1)で問題が解決されたので取り合えず解決とします。