SETLLは位置決めの為に一度行うものです。
KEY1＝B・KEY2＝ABDの位置から読み始めなさい、とＰＧＭに命令してます。
ファイルにKEY3まで定義してあったとしても、KEY1・KEY2をキーリストに定義し
SETLL・READEで問題ありません。
むしろ今回の処理では、記述しない方がすっきりします。

SETLL・READEでDOで回した時、に該当する一件目しか読み込まないというのであれば、
ロジックを見直した方がいいかと思います。
キーリスト
　　KEY001　KLIST
　　　　　　KFLD　　　　　KEY1
　　　　　　KFLD　　　　　KEY2

パターン１・・・ＩＫＤさんの記述した*HIVAL
　　KEY001　　SETLLFILEA
　　　　　　　DO　　*HIVAL
　　　　KEY001　　　　READEFILEA　　　　　　　　　　　　　　　　90
90　　　　　　　　　　　　LEAVE　
　　　　　　　　　　　処理
　　　　　　　ENDDO
パターン２・・・DOWEQ
　　KEY001　　SETLLFILEA
　　　　KEY001　　　　READEFILEA　　　　　　　　　　　　　　　　90
　　　　*IN90　　　　　DOWEQ*OFF
　　　　　　　　　　　　　　処理
　　KEY001　　　　READEFILEA　　　　　　　　　　　　　　　　90
　　　　　　　　　　　　　　ENDDO
パターン３・・・DOUEQ
　　KEY001　　　　SETLLFILEA　　　　　　　　　　　　　　　　
　　　　*IN90　　　　　DOUEQ*ON
　　　　KEY001　　　　READEFILEA　　　　　　　　　　　　　　　　90
　　　　*IN90　　　　　IFEQ　　*ON
　　　　　　　　　　　　　　処理
　　　　　　　　　　　　　　ELSE
　　　　　　　　　　　　　　処理
　　　　　　　ENDIF
　　　　　　　　　　　　　　ENDDO

この何れかに該当するようロジックを見直してください。
DOの回し方は好みが分かれるところですが、それぞれ特性を生かした
記述を心がけて下さい。
極力余計な記述をさけ、特性を生かしメンテナンスの向上を意識しましょう。
尚、CHAIN・LOKUP・READなどの命令直前でフラグを*OFFにする必要もありません。