RPG　の演算用に　ASCIIで保管されている　IFSストリームを
ASCIIから　EBCDIC　に変換したのでは折角、ASCII　で　IFS　に保管した意味が
なくなります。
IBM　HTTPサーバーや　Apache　は　省略時は　EBCDIC->ASCII　変換ですが
設定によって　無変換、つまり　ASCII->ASCII　で出力することができますので
設定をお調べください。
CGI　が最も処理時間を要するのはコード変換ですのでコード変換は
極力少なくするようにしなければなりません。
ASCII　で読み込んだ　IFS　ストリームに対して文字列の検索等が必要になるかと
思いますが検索する文字列のほうを　EBCDIC->ASCII　に変換して　ASCII　のままで
処理するようにしてください。
ANSI-C　(C言語)　であれば　

#pragma　convert(850)
　　　　:
　　　(ここで記述したソースの定数はすべてASCII　と見なされる)
　　　　:
#pragma　convert(0)

という便利な　ASCII　記述の方法があるのですが　RPG　では、このような機能は
ありません。唯一使えそうなのが　%GRAPH　ですが。